Bezpieczeństwo transportu kolejowego oraz ochrona granic Rzeczypospolitej Polskiej to dwa kluczowe elementy systemu bezpieczeństwa państwa. W ich zapewnieniu coraz większe znaczenie ma współpraca Straży Ochrony Kolei i Straży Granicznej. Zwłaszcza w kontekście waliki z nielegalną migracją z Niemiec i Litwy.
Podstawą prawną współpracy SOK i SG jest rozporządzenie Ministra Infrastruktury jeszcze z 2004 roku w sprawie form współdziałania Straży Ochrony Kolei z Policją, Strażą Graniczną i Inspekcją Transportu Drogowego. Zapisy rozporządzenia szczegółowo określają zakres współpracy obu formacji dotyczący prowadzenia wspólnych przedsięwzięć, służących ochronie bezpieczeństwa ludzi oraz utrzymania bezpieczeństwa i porządku publicznego na kolei. istotnym celem jest także przeciwdziałanie nielegalnej migracji, zwalczanie przemytu oraz kontrolowanie pociągów międzynarodowych. Wspólne patrole obie formacje prowadza więc zarówno w pociągach pasażerskich, jak i towarowych. Ponadto funkcjonariusze SOK i SG działają wspólnie na terenach przyległych do torowisk, stacji kolejowych oraz kolejowych przejść granicznych.
Straż Ochrony Kolei precyzuje, że współpraca ze Strażą Graniczną polega w szczególności na przekazywaniu informacji m.in. o przestępstwach i wykroczeniach oraz ich sprawcach, do których ścigania właściwa jest SG. Wymian informacji dotyczy również sfery zagrożenia bezpieczeństwa ludzi i mienia oraz porządku na obszarze kolejowym, w pociągach i innych pojazdach kolejowych i o przypadkach nielegalnej migracji i związanych z nią zakłóceniach porządku publicznego.
Ponadto SOK i SG prowadzą wspólne działania porządkowe, czy w zakresie kontroli legalności pobytu cudzoziemców na terytorium Polski , przeprowadzanych na obszarze kolejowym. Współpraca obejmuje ponadto zabezpieczanie miejsc przestępstw lub wypadków i katastrof kolejowych. I prowadzenie wspólnych patroli z wykorzystaniem psów służbowych SOK lub SG.